Refus ou rejet d’une facture électronique : quelle différence ?

Critère	Rejet technique	Refus commercial
Qui déclenche l’action ?	La plateforme agréée	L’acheteur
Moment	Avant réception	Après réception
Cause	Erreur technique	Erreur commerciale
Motif obligatoire	Code automatique	Oui
Impact sur la TVA	Aucun	Régularisation nécessaire
Paiement	Jamais commencé	Remis à zéro
Action à réaliser	Corriger puis renvoyer	Avoir + nouvelle facture

Dans la pratique, cette différence est souvent source de confusion. Beaucoup d’entreprises pensent qu’une facture contenant une erreur doit être systématiquement refusée. En réalité, lorsqu’il s’agit d’une erreur de format ou d’une anomalie détectée automatiquement par la plateforme agréée, la facture est simplement rejetée avant même d’être transmise au client.

 

Quels sont les motifs valables pour refuser une facture électronique ?

Le refus d’une facture électronique ne peut pas être utilisé pour n’importe quel désaccord. Il doit reposer sur un motif commercial légitime et suffisamment précis pour permettre au fournisseur de comprendre l’origine du problème et d’émettre une facture corrigée.

À l’inverse, les erreurs purement techniques (format invalide, fichier XML non conforme, SIREN erroné, etc.) relèvent d’un rejet technique effectué automatiquement par la plateforme agréée (PA) et non d’un refus formulé par l’acheteur.

Voici les principaux motifs qui peuvent justifier le refus d’une facture électronique.

 

1. Un montant incorrect

L’un des motifs de refus les plus fréquents concerne une erreur sur le montant facturé. La somme indiquée sur la facture doit correspondre au devis accepté, au contrat signé ou au bon de commande.

Plusieurs situations peuvent justifier un refus :

• un prix unitaire différent de celui convenu ;
• une remise oubliée ;
• une erreur dans le calcul de la TVA ;
• un total TTC ou HT erroné ;
• une prestation facturée deux fois.

Avant de refuser la facture, il est recommandé de comparer les montants avec les documents contractuels afin de vérifier que l’écart provient bien d’une erreur et non d’une évolution prévue dans le contrat.

Exemple : un devis accepté prévoit une prestation de 3 000 € HT. La facture reçue mentionne 3 600 € HT sans justification. L’acheteur peut légitimement refuser cette facture en précisant que le montant ne correspond pas au devis signé.

 

2. Une prestation non conforme ou non réalisée

Une facture peut également être refusée lorsque la prestation réalisée ne correspond pas à ce qui avait été commandé ou lorsqu’elle n’a pas encore été exécutée.

Cela peut concerner par exemple :

• une prestation incomplète ;
• un service non réalisé ;
• un produit livré différent de celui commandé ;
• une livraison effectuée avec retard alors que le contrat prévoyait une date impérative.

Le motif de refus doit être suffisamment détaillé afin de permettre au fournisseur de comprendre précisément la non-conformité constatée.

Dans ce type de situation, il est conseillé de conserver tous les éléments de preuve (bon de livraison, photos, échanges d’emails, procès-verbal de réception…) afin de faciliter la résolution du différend.

 

3. Une quantité erronée

Une erreur sur les quantités constitue également un motif valable de refus.

Par exemple, une entreprise peut recevoir une facture portant sur :

• 15 licences logicielles alors que seulement 10 ont été commandées ;
• 120 unités livrées au lieu des 100 prévues ;
• plusieurs lignes de facturation dupliquées.

Avant de refuser la facture électronique, il convient de comparer les quantités facturées avec le bon de commande et le bon de livraison.

Lorsque l’erreur est avérée, la facture devra être annulée par un avoir puis remplacée par une facture rectificative conforme aux quantités réellement livrées.

 

4. Des conditions de paiement différentes de celles prévues

Les conditions de règlement figurant sur la facture doivent respecter les engagements contractuels conclus entre les parties.

Une facture peut être refusée si elle prévoit notamment :

• un délai de paiement différent de celui prévu au contrat ;
• une pénalité ou des frais non convenus ;
• un mode de règlement imposé sans accord préalable ;
• des conditions d’escompte différentes.

Avant de procéder au refus, il est recommandé de vérifier les clauses du contrat ou des conditions générales de vente afin de s’assurer que la contestation est fondée.

Dans la plupart des cas, un échange préalable avec le fournisseur permet de résoudre rapidement ce type d’erreur avant de relancer le cycle de facturation.

 

5. Des mentions contractuelles ou fiscales erronées

Certaines erreurs portant sur les informations figurant sur la facture peuvent également justifier un refus lorsqu’elles empêchent son traitement comptable ou ne respectent pas les obligations légales.

Il peut s’agir par exemple :

• d’un numéro de bon de commande incorrect ;
• d’un mauvais numéro de contrat ;
• d’un taux de TVA erroné ;
• d’une désignation de prestation inexacte ;
• d’informations essentielles incompatibles avec les accords contractuels.

 

En revanche, les erreurs purement techniques détectées automatiquement par la plateforme agréée (format de fichier, structure XML, identifiant invalide…) relèvent d’un rejet technique et non d’un refus.

 

Motif	Refus possible ?
Montant incorrect
Mauvais taux de TVA
Quantité erronée
Mauvais SIREN	Rejet
Mauvais format XML	Rejet
Facture en doublon	Rejet
Prestation non réalisée

À retenir : un refus concerne toujours un désaccord commercial entre le fournisseur et son client. Si l’erreur est détectée automatiquement par la plateforme agréée avant la réception de la facture, il s’agit d’un rejet technique.

 

Comment refuser une facture électronique ?

Lorsqu’une erreur commerciale est constatée, le refus d’une facture électronique doit suivre une procédure précise afin d’assurer la traçabilité des échanges et de respecter le cycle de vie prévu par la réforme de la facturation électronique.

Contrairement à une facture papier, il ne suffit plus d’envoyer un simple email au fournisseur. Le refus est enregistré directement dans la plateforme agréée (PA), horodaté et transmis automatiquement aux différentes parties concernées.

 

Étape 1 : Vérifier la facture reçue

Avant toute action, comparez la facture avec les documents contractuels :

• devis ;
• bon de commande ;
• bon de livraison ;
• contrat ;
• échanges commerciaux.

Cette vérification permet de confirmer que le refus est réellement justifié.

Étape 2 : Modifier le statut de la facture

Depuis votre plateforme agréée, sélectionnez la facture concernée puis attribuez-lui le statut « Refusée ».

Ce changement de statut est enregistré dans le cycle de vie officiel de la facture électronique.

Étape 3 : Indiquer un motif précis

Le refus doit être accompagné d’un motif clair et suffisamment détaillé.

Par exemple :

• « Le montant facturé ne correspond pas au devis n°2026-154. »
• « Les quantités facturées sont supérieures aux quantités livrées. »
• « La prestation prévue au contrat n’a pas été réalisée. »

Évitez les formulations trop vagues comme « erreur » ou « problème », qui compliquent le traitement du dossier.

 

Étape 4 : Attendre la régularisation du fournisseur

Après notification du refus, le fournisseur doit :

1. émettre un avoir afin d’annuler la facture initiale ;
2. établir une facture rectificative conforme ;
3. relancer le cycle normal de facturation et de paiement.

 

📌 Les 4 étapes pour refuser une facture électronique

Étape	Action
1	Vérifier la facture et les documents contractuels
2	Passer la facture au statut « Refusée » dans la plateforme agréée
3	Indiquer un motif précis et justifié
4	Attendre l’avoir puis la nouvelle facture rectificative

 

Quels sont les délais pour refuser une facture électronique ?

L’une des questions les plus fréquentes est de savoir combien de temps une entreprise dispose pour refuser une facture électronique.

Contrairement à certaines idées reçues, la réforme de la facturation électronique ne fixe pas aujourd’hui de délai légal unique applicable à toutes les situations.

En pratique, les délais dépendent principalement :

• des conditions prévues dans le contrat entre les parties ;
• des procédures internes de l’entreprise ;
• des délais de validation mis en place dans la plateforme agréée (PA).

Dans la majorité des entreprises, il est recommandé de contrôler les factures dans un délai de 48 à 72 heures après leur réception afin d’éviter tout retard de paiement et de faciliter les échanges avec le fournisseur.

Plus le refus intervient rapidement, plus la régularisation est simple et plus le fournisseur peut émettre rapidement une facture corrigée.

 

📊 Les principaux délais à connaître

Situation	Délai conseillé
Vérification de la facture	48 à 72 heures après réception
Refus d’une facture	Dès qu’une erreur est constatée
Émission de l’avoir	Dès réception du refus par le fournisseur
Nouvelle facture rectificative	Après émission de l’avoir
Paiement	Selon les délais contractuels à compter de la nouvelle facture

 

Bon à savoir : certaines plateformes permettent de mettre en place des circuits de validation internes afin d’éviter qu’une facture soit acceptée par défaut sans avoir été contrôlée.

 

Que se passe-t-il après le refus d’une facture électronique ?

Le refus d’une facture électronique ne met pas fin à la relation commerciale entre le fournisseur et son client. Il permet simplement de corriger une erreur avant que le paiement n’intervienne.

Une fois le statut « Refusée » enregistré dans la plateforme agréée, le fournisseur est automatiquement informé de la décision de son client.

Il doit alors régulariser la situation avant de pouvoir être payé.

La procédure est toujours la même :

1. le fournisseur prend connaissance du motif du refus ;
2. il émet un avoir annulant la facture initiale ;
3. il crée une nouvelle facture conforme ;
4. cette nouvelle facture est transmise via la plateforme agréée ;
5. le cycle normal de validation et de paiement reprend.

 

Il est important de noter que la facture initiale ne peut pas être simplement modifiée. Une facture électronique refusée reste historisée dans le système afin de garantir la traçabilité des échanges.

 

📊 Conséquences d’un refus de facture électronique

Conséquence	Impact
Paiement	⏸ Suspendu jusqu’à la nouvelle facture
Facture initiale	❌ Ne peut plus être modifiée
Avoir	✅ Obligatoire pour annuler la facture
Nouvelle facture	✅ Doit être émise
Historique	✅ Conservé dans la plateforme
Traçabilité	✅ Horodatée et conservée

 

Quel est l’impact d’un refus sur la TVA et la comptabilité ?

Le refus d’une facture électronique n’est pas uniquement une opération administrative. Il entraîne également des conséquences comptables et fiscales.

Lorsqu’une facture est refusée, elle ne peut pas être simplement remplacée par une nouvelle version. Le fournisseur doit obligatoirement établir un avoir afin d’annuler la facture initiale avant d’émettre une facture rectificative.

Cette procédure garantit la cohérence des écritures comptables et permet à l’administration fiscale de reconstituer l’intégralité du cycle de vie de la facture.

Pour l’acheteur, cela signifie que la déduction de la TVA ne pourra intervenir qu’à partir de la facture corrigée si les conditions légales sont réunies.

Pour le fournisseur, la régularisation doit être effectuée conformément aux règles prévues par le Code général des impôts.

 

📊 Impact comptable d’un refus

Élément	Avant le refus	Après le refus
Paiement	En attente	Suspendu
TVA	Facture initiale	Régularisation via avoir
Comptabilité	Facture enregistrée	Nouvelle écriture après correction
Facture	Initiale	Avoir + facture rectificative
Historique	Normal	Historique complet conservé

 

Les erreurs les plus fréquentes lors d’un refus de facture électronique

Avec la généralisation de la facturation électronique, certaines erreurs reviennent régulièrement et peuvent ralentir le traitement des factures ou provoquer des retards de paiement.

Voici les principales à éviter.

Confondre un refus et un rejet

C’est l’erreur la plus fréquente.

Une erreur technique doit entraîner un rejet automatique par la plateforme, tandis qu’un désaccord commercial relève d’un refus formulé par l’acheteur.

Utiliser le refus pour un simple litige commercial

Toutes les contestations ne nécessitent pas de refuser la facture.

Dans certains cas, un échange avec le fournisseur permet de résoudre le problème sans interrompre le cycle de facturation.

Indiquer un motif trop vague

Des formulations comme :

• « erreur »
• « problème »
• « à revoir »

ne permettent pas au fournisseur de comprendre la nature de la contestation.

Le motif doit être précis et faire référence au devis, au contrat ou au bon de commande.

Attendre trop longtemps

Même en l’absence d’un délai légal unique, attendre plusieurs semaines avant de contrôler une facture augmente le risque de retarder son paiement et de compliquer la régularisation.

 

✔  Checklist avant de refuser une facture électronique

Avant de modifier le statut d’une facture, prenez quelques minutes pour vérifier les éléments suivants :

✔  Le montant correspond-il au devis ou au contrat ?

✔  Les quantités sont-elles exactes ?

✔  La prestation a-t-elle bien été réalisée ?

✔  Le taux de TVA est-il correct ?

✔ Les conditions de paiement sont-elles conformes ?

✔  Les références (bon de commande, contrat…) sont-elles exactes ?

✔  Le problème relève-t-il d’une erreur commerciale et non d’un rejet technique ?

 

Quelles entreprises peuvent refuser une facture électronique ?

Le droit de refuser une facture électronique ne dépend pas de la taille de l’entreprise, mais de sa qualité d’acheteur. Toute entreprise qui reçoit une facture électronique peut la refuser lorsqu’elle constate une erreur commerciale justifiant une régularisation.

Que vous soyez une TPE, une PME, une grande entreprise ou un professionnel assujetti à la TVA, les mêmes principes s’appliquent : le refus doit être motivé, tracé dans la plateforme agréée (PA) et suivi d’un avoir puis d’une facture rectificative.

En revanche, si l’anomalie est purement technique (format incorrect, fichier XML invalide, identifiant erroné…), la facture sera rejetée automatiquement par la plateforme avant même d’arriver chez le destinataire.

 

📊 Qui peut refuser une facture électronique ?

Situation	Refus possible ?	Remarque
PME ou TPE recevant une facture	✅ Oui	Si le motif est commercial
Grande entreprise	✅ Oui	Même procédure
Profession libérale	✅ Oui	Sous réserve d’être concernée par la réforme
Association assujettie à la TVA	✅ Oui	Même fonctionnement
LMNP/LMP assujetti à la TVA	✅ Oui	Notamment en para-hôtellerie ou résidence de services
Plateforme agréée (PA)	❌ Non	Elle peut uniquement rejeter une facture pour un motif technique

 

Cas pratique : comment se déroule un refus de facture électronique ?

Prenons un exemple concret.

Une société commande une prestation informatique d’un montant de 2 500 € HT.

À la réception de la facture électronique, elle constate que le fournisseur a facturé 2 900 € HT.

Après vérification du devis signé et du bon de commande, elle décide de refuser la facture directement depuis sa plateforme agréée.

Le motif indiqué est :

« Le montant facturé ne correspond pas au devis n°2026-145 signé le 12 mars 2026. »

Le fournisseur reçoit immédiatement cette information.

Il procède alors à :

• l’émission d’un avoir de 2 900 € HT ;
• la création d’une nouvelle facture de 2 500 € HT ;
• la transmission de cette facture corrigée via la plateforme agréée.

Le client peut alors reprendre son processus normal de validation et procéder au paiement.

 

📌 Bon à savoir

Le refus d’une facture électronique ne signifie pas que la relation commerciale est rompue.

Il s’agit simplement d’un mécanisme permettant de corriger officiellement une facture erronée tout en garantissant la traçabilité imposée par la réforme de la facturation électronique.

Dans la majorité des cas, quelques échanges entre le fournisseur et son client permettent de résoudre rapidement la situation.

 

Les LMNP et LMP sont-ils concernés par le refus des factures électroniques ?

Les loueurs en meublé ne sont pas tous concernés de la même manière par la réforme.

La majorité des LMNP qui louent des logements nus de services para-hôteliers et qui ne sont pas assujettis à la TVA devront uniquement recevoir leurs factures électroniques à compter de l’entrée en vigueur de la réforme. Ils n’auront généralement pas à émettre de factures électroniques.

En revanche, certains LMNP et LMP exerçant une activité soumise à la TVA (par exemple en para-hôtellerie ou via certaines résidences de services) devront également respecter les nouvelles obligations d’émission.

Ils pourront donc être amenés à refuser des factures fournisseurs si celles-ci comportent une erreur commerciale.

 

📊 Les obligations des loueurs en meublé

Situation	Réception des factures électroniques	Refus possible ?
LMNP non assujetti à la TVA	✅ Oui	Oui, pour les factures reçues
LMNP assujetti à la TVA	✅ Oui	Oui
LMP assujetti à la TVA	✅ Oui	Oui
Para-hôtellerie	✅ Oui	Oui
Résidence de services	✅ Oui	Oui

 

Conclusion

La réforme de la facturation électronique ne modifie pas le droit de contester une facture, mais elle encadre désormais cette procédure au travers de statuts normalisés et d’une traçabilité complète.

Avant de refuser une facture électronique, il est essentiel de distinguer une erreur commerciale, qui justifie un refus, d’une erreur technique, qui relève d’un rejet automatique par la plateforme agréée.

En cas de refus, le fournisseur devra obligatoirement émettre un avoir puis une facture rectificative afin de relancer le cycle de facturation et de paiement.

Anticiper ces nouvelles règles permettra aux entreprises de sécuriser leur comptabilité, de limiter les retards de paiement et de respecter les exigences de la réforme dès son entrée en vigueur.